（三）承担的刑事责任风险不同。现行《刑法》分则第三章“破坏社会主义市场经济秩序罪”中专节规定了“妨害对公司、企业的管理秩序罪”，其中对有限责任公司及其股东设定了虚报注册资本罪、虚假出资和抽逃出资罪、欺诈发行股票和债券罪、提供虚假财会报告罪、妨害清算罪等罪名;而对个人独资企业投资人则没有设定上述罪名。根据我国刑法“法无明文规定不为罪，法无明文规定不处罚”的罪刑法定原则，一人有限责任公司的股东所承担的刑事法律责任风险比个人独资企业的投资人要大得多。
 

（四）是两者的财产所有权不同。新《公司法》第三条规定:“公司是企业法人，有独立的法人财产，享有法人财产权。公司以其全部财产对公司的债务承担责任。”据此规定，股东出资后，其用作出资的财产所有权即与股东相分离，转为公司所有的财产，由公司享有法人财产所有权，并依法占有、使用、收益和处分，股东不能再独立、直接支配相关的出资财产，只能通过行使股权的方式对出资财产实施动态利用;而《个人独资企业法》第十七条规定:“个人独资企业投资人对本企业的财产依法享有所有权，其有关权利可以依法进行转让或者继承。”
 

（五）是两者的机构设置和人员任职资格不同。一人有限责任公司虽然不设立股东会，但应依法设立董事会和监事会，并明确公司法定代表人。不设董事会的，则应当设一名执行董事;不设监事会的，则应当设一至二名监事。而且，新《公司法》第一百四十七条对公司的董事、监事、经理、副经理、财务负责人的任职资格作出严格限制。而《个人独资企业法》对个人独资企业内部组织机构的设置以及经营管理人员任职资格没有作出强制性要求和限制，投资人可以自行管理企业事务，也可以委托或者聘用其他具有民事行为能力的人负责企业的事务管理。

（六）是两者的解散清算程序不同。一人有限责任公司解散的，应当在解散事由出现之日起15日内由股东组成清算组清算。股东逾期不成立清算组进行清算的，债权人可以申请人民法院指定有关人员组成清算组进行清算。清算组应当依照《公司法》规定的期限通知和公告债权人。清算结束后，应当制作清算报告报送公司登记机关，申请注销登记。经清算，公司财产不足以清偿债务的，则应当依法向人民法院申请宣告公司破产;而个人独资企业解散后，由投资人自行清算或者由债权人申请人民法院指定清算人进行清算。清算结束后，投资人或者人民法院指定的清算人应当编制清算报告，并于15日内到登记机关办理注销登记。此外，值得一提的是，根据《个人独资企业法》第二十七条规定，个人独资企业解散清算结束后，原投资人对个人独资企业存续期间的债务仍应承担偿还责任，但债权人在5年内未向债务人提出偿债要求的，该责任消灭。

（七）是两者的法定权利限制不同。新《公司法》第五十九条规定:“一个自然人只能投资设立一个一人有限责任公司。该一人有限责任公司股东不能投资设立新的一人有限责任公司。”此外，根据新《公司法》第十五条规定，一人有限责任公司可以向其他企业投资，但不得成为对所投资企业的债务承担连带责任的出资人（如:合伙企业的合伙人）;而《个人独资企业法》对个人独资企业投资人则没有这方面的限制，个人独资企业可以根据自身的经营需要设立相应的分支机构。

（八）是两者承担的税收义务不同。一人有限责任公司及其股东需分别就其公司所得和股东分取的红利分别缴纳法人所得税和个人所得税;而个人独资企业自身不缴纳法人所得税，只待投资者取得投资回报时缴纳个人所得税。